Flora

En cuanto a la composición vegetal del bosque, las especies dominantes son el algarrobo (Acacia macracantha) (Mimosaceae), además está presente el cholán (Tecoma stans) (Bignoniaceae), el quishuar (Buddleja bullata) (Buddlejaceae) y el guarango o Campeche (Caesalpinia spinosa) (Caesalpiniaceae).

Entre la vegetación del sotobosque las familias más representativas corresponden a: tuna roja, pitajaya (Cactaceae), Tomalon (Solanaceae), mosquera o purga (Euphorbiaceae), Chamana (Sapindaceae) rosadilla (Amaranthaceae) Pencos o cabuyos (Agavaceae) platanillos o siempre verde ( Crasulaceae).Las epífitas como el musgo gris, huicundos pertenecen al género Tillandsia (Bromeliaceae) (Guerrón, y Orellana, 2007).

Fauna

Anfibios

En el ecosistema del PR-BPJ, únicamente dos especies han sido reportadas para el lugar, Gastrotheca riobambae (Fowler 1913) Rana marsupial andina y Rhinella marina (Linnaeus 1758) Sapo común. (Bustamante et al., 2010)

Reptiles

En el PR-BPJ se ha identificado cuatro especies de reptiles. La lista de reptiles está compuesta una lagartija, la guagsa Stenocercus guentheri (Boulenge 1885) y tres especies de serpientes identificadas: Mastigodryas pulchriceps (Cope, 1868) Falsa equis, Dipsas oreas (Cope, 1868) Serpiente caracolera y Liophis epinephelus albiventris (Cope 1868) Culebra boba verde. Stenocercus guentheri (Boulenger 1885). (Bustamante 2010)

Ornitofauna

El PR-BPJ se encuentra ubicada en un área importante para la conservación de las aves (IBA) EC107 y también incluida dentro de las Áreas de Endemismo (EBAs) 042 - Andes Centrales del Norte (Lombeida 2010, p.25)

En el área protegida se registraron setenta y seis especies de aves, "El orden más representado (53,7%) es Passeriformes con 29 especies como el pájaro carpintero, el pues pues, el pájaro brujo y golondrinas seguido de Apodiformes con diez especies (18,5%), el quinde soldado, herrero colilarga y colibri gigante etc. Columbiformes tiene tres especies (5,6%) cuturpilla y tortolas, cuatro órdenes (Accipitriformes, Cathartiformes, Falconiformes y Strigiformes) están representados por dos especies (3,7% cada uno) gavilán variable águila, pechinegra, gavilan Alicastaño. y, finalmente, cuatro órdenes (Caprimulgiformes, Ciconiiformes, Galliformes y Piciformes) están representados por una sola especie (1,9% cada uno) chontacabras.

La familia con el mayor número de especies es Trochilidae (9, 16,7%), colibrí gigante, colibrí herrero, colibrí colilarga etc. seguida de Emberizidae (7, 13%), matorralero aliblanco, Thraupidae (6, 11,1%), frijilio colifageado, frijilo pechicinereo. Tyrannidae (4, 7,4%) como arriero de montaña y Columbidae (3, 5,6%) cuturpilla, tórtola común y tórtola orejuda; siete familias (Accipitridae, Cathartidae, Falconidae, Cardinalidae, Fringillidae, Hirundinidae y Troglodytidae) Quilico, halcón peregrino, gavilán variable águila, pechinegra, gavilan Alicastaño tienen dos especies cada una (3,7%), y, finalmente, nueve familias (Caprimulgidae, Ardeidae, Odontophoridae, Furnariidae, Motacillidae, Parulidae, Picidae, Srigidae y Tytonidae) están representadas por una única especie (1,9%)" como la garcita o garceta bueyera.

Mamíferos

En el PR-BPJ se han registrado 17 especies de mamíferos, de las 17 especies, seis (35,3%) corresponden a murciélagos (Orden Chiroptera); cinco (29,4%) corresponden a roedores (Orden Rodentia); tres (17,6%) son carnívoros (Orden Carnivora); una especie 56 (5,9%) de conejo (Orden Lagomorpha) y dos (11,8%) de marsupiales (Órdenes Didelp-himorphia y Paucituberculata). De las especies registradas, dos de ellas son endémicas de los Andes ecuatorianos: Anoura fistulata (Familia Phyllostomidae) y Phyllotis haggardi (Familia Cricetidae). Estas especies están categorizadas por la UICN como Datos Insuficientes (DD) y de Menor Preocupación (LC), respectivamente. (Burneo et al., 2010).

Flora y Fauna de Pichincha